Während der Kreuzfahrerzeit stand die Kirche unter der Verantwortung des Johanniterordens, der Johannes den Täufer zu seinem Patron ernannte. 1244 wurde die Kirche zerstört und 1842 wieder aufgebaut. Zu dieser Zeit wurde auch eine neuere Kirche errichtet. Es befindet sich über der alten Kirche und darin befindet sich ein Knochen, der dem Schädel von Johannes dem Täufer zugeschrieben wird. Anstelle eines Hofes mit einer Wasserzisterne gibt es eine antike Inschrift in griechischer Sprache. Das griechisch-orthodoxe Patriarchat besitzt die Kirche.
