הארמנים היו העם הראשון שקיבל על עצמו את הנצרות בשנת 301 לספירה, תחת הנהגת המלך טירדט השלישי. בראשית המאה החמישית הומצא הא'-ב' הארמני כדי לתרגם את כתבי הקודש לארמנית. הארמנים בירושלים נחשבים לאחת הקהילות הוותיקות. בתקופה הרומית הם לחמו לצד חיילי הלגיון העשירי, ועם הנחלת הנצרות בארץ הקודש החלו להגיע לירושלים צליינים ארמניים. החוקרים סבורים שרבים מהנזירים הראשונים במדבר יהודה היו ממוצא ארמני. לפי המסורת קיבלו הארמנים אישור ממוחמד לקיים את מנהגיהם בארץ הקודש. הם אף קיבלו אישור לכך בכתב מהח'ליף האומיי עומר איבן אל-חטב מדמשק.
לאחר הכיבוש הצלבני, מלכי ארמניה קיימו יחסים הדוקים עם המלכים הצלבנים ואחדים מהם אף נישאו לנשים ארמניות. בתקופה זו המתחם הורחב כדי לארח צליינים ולשמש מרכז ללימודי דת. בעקבות הטבח בארמנים במלחמת העולם הראשונה בתורכיה, הגיעו פליטים רבים לירושלים, הם מצאו מקלט במנזר ומאז המנזר משמש גם כרובע מגורים. גם כיום רוב הארמנים בירושלים הם צאצאים של ניצולי הטבח. כתליו העבים של המנזר אפשרו לארמנים להתגורר במקום בביטחון במשך מאות שנים. בתוכו מצויים רוב מוסדות הקהילה, ובכללם הפטריארכיה, בית הספר הארמני, מוזיאון וספרייה עתיקים, חנויות מכולת ואפילו שני מועדונים חברתיים המייצגים מפלגות יריבות.
אנשי הכנסייה מהווים חלק קטן מתושבי המנזר, המאוכלס כיום ברובו על-ידי אזרחים חילוניים ששוכרים בו דירות וחדרים, ומחוייבים להתאים את עצמם לכללי המנזר. ברחבי המנזר שפת הדיבור הנפוצה היא ארמנית, ובכל פינה שלטים ודגלים ארמנים. הארמנים מקפידים כאמור על פרטיותם והשומר בכניסה ימנע מכם להיכנס למנזר, אלא אם הוזמנתם על-ידי אחד מחברי הקהילה. בצדו השני של הכביש ניצב הסמינר התיאולוגי של הארמנים שבו לומדים פרחי כמורה שבאים מארמניה וממדינות אחרות בעולם. המתחם סגור לזרים מלבד ביקור בחצר קתדרלת סנט ג'יימס, או בכנסייה עצמה בשעות התפילה.
קתדרלת יעקב הקדוש היא כנסייה ארמנית עתיקת יומין ברובע הארמני, אשר נבנה כמנזר ומשמש כמקום משכנה של הפטריארכיה הארמנית של ירושלים. הכנסייה נבנתה בתקופה הצלבנית כפי שמעיד סגנון הבנייה המסיבי והקשתות המצטלבות המחודדות, והיא מוקדשת ליעקב הקדוש. על פי האמונה קבורים בה שני קדושים בשם זה: יעקב אחי ישו, שהיה הבישוף הראשון של ירושלים ו”יעקב השליח”, אחד מ-12 השליחים של ישו. כאן קבור רק ראשו. גופו נטמן בעיר הצליינים סנטיאגו דה קומפוסטלה (Santiago de Compostela) שבצפון מערב ספרד.
בחזית הבניין נוכל לראות את הצלבים החרוטים באבן, הנקראים חצ’קרים (חצ’=צלב, קר=אבן), אשר נתרמו על ידי צליינים שביקרו במקום במהלך הדורות. בחצר, סמוך לשער שדרכו נכנסנו, ניתן לראות את קברו של אברהם, הפטריארך הראשון מימי צלאח א- דין. בכנסייה עצמה אין משתמשים בחשמל אלא רק במנורות שמן. אחד הפרטים המעניינים בחצר הם לוחות העץ התלויים על חזית הכנסייה ומכונים “נאקוס”. הנזירים מקישים בלוחות אלו לפני התפילות והם היו הפעמונים היחידים שהיו מותרים בשימוש עד המאה ה-19 מפני שהמוסלמים אסרו על השימוש בפעמונים בכנסיות בירושלים.
כיום אפשר לראות אותם במנזרים רבים. אריחי הקרמיקה הכחולים הם פרט יפה נוסף המצוי בכנסיה ובחצר. אמנות הקרמיקה הגיעה לירושלים באמצעות שלוש משפחות ארמניות שהגיעו מתורכיה לאחר שהוזמנו על-ידי הבריטים לשפץ את המסגדים בהר הבית. למרות שהפרויקט לא יצא לפועל, נשארו המשפחות בירושלים וטיפחו את הטכניקות הייחודיות שלהן. כיום מזוהה הקרמיקה הזו עם הארמנים של ירושלים. היא מעוטרת בדרך כלל במוטיבים של ציפורים וענפים משתרגים, המסמלים את נפש האדם. את כוהני הדת הארמנים אפשר לזהות בקלות על-ידי הכובע המחודד המזכיר את פסגתו של הר אררט, המקודש לארמנים. הכניסה לכנסייה אפשרית רק בשעות התפילה, בין השעות 15:30 – 15:00.