מדובר בכנסייה הקדומה ביותר בעיר העתיקה, כאשר חלקה התחתון הוא מהתקופה הביזנטית, ויש המתארכים אותה לתקופה הצלבנית. הכנסייה קרויה על שמו של יוחנן המטביל, וכוללת קריפטה עתיקה בה אפשר לחזות בשרידים מהתקופה הביזנטית ומתקופת שלטון הנוצרים.
בתקופה הצלבנית הייתה הכנסייה ברשותו של מסדר ההוספיטלרים אשר אימץ את יוחנן המטביל כפטרונו. בשנת 1244 נחרבה הכנסייה, ושוקמה מחדש ב-1842. במועד זה הוקמה גם כנסייה חדשה יותר, הנמצאת מעל הכנסייה הקדומה, ובה מצויה עצם המיוחסת לגולגלתו של יוחנן המטביל. במקום חצר עם בור מים עליו כתובת קדומה בשפה היוונית. הכנסייה נמצאת ברשותה של הפטריארכיה היוונית-אורתודוקסית.
