ממעין הגיחון ועד לבריכת השילוח, מנהרת חזקיהו (הידועה גם כמנהרת השילוח) היא היחידה ממעט מבנים מהמאה ה-8 לפני הספירה ברחבי העולם, המאפשרים גישה מלאה לציבור הרחב. כפי שמסופר בתנ”ך, המנהרה, שאורכה 533 מטר, נחפרה על ידי המלך חזקיהו, על מנת שיוכל לבצר את העיר מפני צבאות אשוריים, מבלי לפגוע במקור המים העיקרי שלה, מעין הגיחון, ששכן מחוץ לחומות. בתנ"ך מוזכר: “וַיַּרְא יְחִזְקִיָּהוּ כִּי בָא סַנְחֵרִיב וּפָנָיו לַמִּלְחָמָה עַל יְרוּשָׁלָים. וַיִּוָּעַץ עִם שָׂרָיו וְגִבֹּרָיו לִסְתּוֹם אֶת מֵימֵי אֲשֶׁר מִחוּץ לָעִיר, וַיַּעְזְרוּהוּ. וַיִּקָּבְצוּ עַם רָב וַיִּסְתְּמוּ אֶת כָּל הַמַּעְיָנוֹת וְאֶת הַנַּחַל הַשּׁוֹטֵף בְּתוֹךְ הָאָרֶץ לֵאמֹר: לָמָּה יָבוֹאוּ מַלְכֵי אַשּׁוּר וּמָצְאוּ מַיִם רַבִּים”. ייחודה ההיסטורי של הנקבה הוא בהיותה הראשונה בתולדות ירושלים, שיצרה מקור מים בתוך החומות עבור תושבי העיר, דבר בעל חשיבות מכרעת בימי מלחמה.
בנקבה נתגלתה כתובת השילוח המפורסמת – מהכתובות הבודדות בעברית ששרדו מתקופת בית ראשון, המספקת פרטים אותנטיים על דרך חציבתה. מקובל לייחס את חציבת הנקבה להכנותיו של חזקיהו המלך לקראת מצור צפוי של סנחריב מלך אשור. לפי הקדשה שנמצאה במנהרה, לקח לשני צוותים שנתיים לחפור, כאשר כל צוות התחיל את החפירה בצד אחר וכעבור שנתיים נפגשו באמצע. המנהרה נתגלתה בשנת 1838 על ידי החוקר האמריקאי, אדוארד רובינסון, אשר ערך בה סקר ארכיאולוגי ראשון, וחצה אותה לכל אורכה. זאת לאחר ששמע מהתושבים המקומיים כי יש קשר בין מעיין הגיחון ל"מעיין השילוח", אך לא עמד על טיבו, ולא הבין כי מדובר במקור מים אחד בלבד.
