Иоанн Креститель проповедовал и совершал священные омовения в водах реки Иордан для очищения от грехов и покаяния иудеев, которые впоследствии стали называться таинством крещения. В различных религиях, в том числе и в Исламе, Иоанн Креститель признан пророком. Иоанн Креститель был чуть старше Иисуса и погиб от рук царя Ирода Антипа – по приказу его падчерицы Саломеи. История хранит много тайн, в том числе местонахождение останков Иоанна, а особенно его головы. Это тема не раз поднималась в христианском искусстве. По одной из версий разгадка находится в Церкви Святого Иоанна Крестителя (не путать с одноименной церковью в Эйн-Карем).
Церковь расположена за рынком в Христианском квартале. Скромный фасад скрывает впечатляющий богато украшенный росписями интерьер и большой иконостас. Одна из самых ценных икон находится как раз над входом в церковь и изображает отрубленную голову Иоанна Крестителя. Священная реликвия в драгоценной золотой оправе считается частью черепа Иоанна. При входе в церковь верующие целуют реликвию.
Церковь построена поверх прочих святилищ, самое старое из которых относится к пятому веку. Современное здание было построено между 8-ым и 11-ым веками итальянскими купцами и в 12-ом веке восстановлено крестоносцами. Самая первая церковь находится на глубине семи метров, и туда можно спуститься по лестнице.
На стене церкви – икона византийской императрицы Евдокии, которая после отлучения от своего мужа Феодосия II была сослана на Святую землю, где в 5ом веке принимала активное участие в возведении нескольких церквей – в том числе и Церкви Святого Иоанна Крестителя.